《钢铁侠与浩克.联合战记》在本片的故事中，为祸已久的九头蛇海蛟团体计划夺取无敌浩克的伽玛能量来颠覆世界，于是拉拢了浩克的宿敌恶煞，将浩克囚禁在电厂要吸收他的能量，没想到伽玛能量实在太强大了，意外创造出一个纯能量的大怪物－煞克斯，实足没有任何人不妨控制住他。另一方面，钢铁人东尼史塔克也侦测到伽玛能量特殊释放而前来调查，不料竟被煞克斯控制住他的空中堡垒以及钢铁兵团，面对这样艰难的困境，钢铁人与浩克唯有联手才有机会扭转颓势，他们要如何同心协力击败强敌呢？