《工藤新一复活！与黑暗组织的对决》铃木财团最新的高端酒店落成，小兰（黑川千花）、赤司博士（高山龙成）、柯南（藤崎奈绪；高山南）、灰原（柴田由纪华；林原惠美）在隆重的开幕式上园子（岩佐真由子饰）的邀请。与此同时，“日本小姐”选拔大赛庆典宴会也在同一时间在酒店举行，但不久前，针对日本小姐冠军寿可仁（内时木饰）的威胁书送达了人手负责。就在大家都处于高度紧张状态时，普尔突然消失了。当她再次出现在众人面前时，她被杀了，以木偶般恐惧的形象出现。奇怪的是，在吃了某个蛋糕后，柯南和爱神奇地恢复了工藤新一（小栗旬饰）和宫野志保（香椎悠饰）的形象。一方面，他们要追查并杀死可怜的真凶，另一方面，他们要准备与隐藏在黑暗中的昏暗组织决斗……