《哥斯拉：怪兽行星》二十世纪的最后一个夏天。那一天，人类终于意识到，他们并不是地球的唯一统治者。巨大的生物“怪兽”和破坏怪物的终极存在“哥斯拉”出现了。经过半个世纪的与怪物的战争，人类屡战屡败，终于打算逃离地球。2048年，部分人类经过中央政府管理的人工智能筛选，登上星际移民飞船“阿拉特鲁姆”号，踏上了前往11.9光年外“鲸鱼座头e”的旅程。然而，人类20年来抵达的星球与地球的环境差距远超预期，不适合人类生存。移民飞船上有一个年轻人——晴夫。4岁时，他亲眼目睹了自己的父母被哥斯拉杀死。20年来，他一直想着回到地球摧毁哥斯拉。随着移民的可能性消失，飞船内的生存环境越来越恶劣，以晴夫为首的“地球回归派”成为主流，他们决定通过危险的长距离超空间航行返回地球。然而，经过两万年的进化，地球已经形成了以哥斯拉为顶端的生态系统，彻底变成了一个未知的世界。人类最终能否夺回地球？晴夫的命运会怎样？