《福音战士新剧场版：Q》14年前，被怀疑是神化第一形态的一号机觉醒，带来三重震撼，让世界发生前所未有的巨变。之后，葛城美里（河野美史配音）等NERV老部离开，组建Wille，对抗Seele和NERV。威尔受明日香（宫村由子配音）和真莉（坂本真绫配音）的命令，去回收被封印在卫星轨道上的一号机和碇真嗣（绪方惠美配音），但真嗣被绝对禁止登上一号机机器。感受到周围的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美配音）登上了突然入侵的9号机，回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外与夜里挂念的绫波重逢，并从父亲口中得知自己将与美少年朱迅（石田彰配音）一起驾驶13号机。14年的空隙中，岁月的沧桑和感情的纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰却为他揭露了种种匪夷所思的真相……本片是EVA新剧场版四部曲的第三部。