《独立日1996》未来某年的7月2日，美国各地的监测站发现，一艘直径数百英里的巨大宇宙飞船正在接近地球。飞船发出的无线电信号干扰了地球上通讯卫星的信号，释放出数艘直径十五里的亚飞船飞过地球各大城市的上空。外星飞船敌友不明，人心惶惶。电脑工程师大卫（杰夫高布伦JeffGoldblum饰）破译了外星人发出的无线电信号，这其实是袭击的倒计时信号。他设法报告了他的前妻，总统助理康妮，但为时已晚。3日，外星飞船向地球发起进攻，人类文明瞬间遭受巨大打击和灾难。总统（比尔·普尔曼BillPullman饰）等人撤离到军事基地，并指挥空军反击，却势同水火，军事基地也被摧毁。只有飞行员史蒂文（威尔·史密斯饰）成功引诱一艘外星人作战飞艇坠毁。幸存者逃往秘密军事基地，那里的科学家们一直在与一艘50多年前坠毁的外星飞艇取得联系，并致力于寻找对付外星人的方法。还有人类最后的希望……