《大图书馆的牧羊人》故事发生在私立汐美学园之中，这里汇聚着在各种方面有着杰出表现的孩子们，他们的身上，承载着整个城市的荣耀和希望。学园之中有着“睿智之城”美名的图书馆格外醒目，然而，在图书馆最深处的阅览室中，大幕正在徐徐的拉开。　　有着旺盛求知欲的笕京太郎（间岛淳司配音）、乐观开朗积极努力的白崎绪美（米泽圆配音）、稳重认真深受信赖的樱庭玉藻（齐藤佑圭配音）、外冷内热的御园千莉（山本希望配音）、温柔善良的铃木佳奈（仙台绘里配音）和大大咧咧的小太刀凪（种崎敦美配音），六名互不相识的少年少女在冥冥之中汇聚在此处，即将展开他们波澜壮阔的冒险。