《东方少年》在架空战国时期，日本被不明生物、鬼神和神灵统治了150年。只有武士团抗拒其统治，从未坚持不懈地战斗。武藏和小次郎也向往武士，发誓有朝一日要组建最强的武士集团。然而，他们居住的城镇却视鬼神为神，武士为异端。武藏只能将自己的梦想藏在心里，直到有一天，他遇到了一个男人被鬼魂残忍杀害的场景。为了与小次郎重拾誓言，武藏向强大的鬼魂发起了挑战……！