《对魔导学园35试验小队》故事设定在一个身怀魔力的人类濒临毁灭的世界，武力的最高地步从使用利剑，转而到使用魔法，继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残余魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮，是个完全不会使用枪械，只靠一柄刀与仇敌交锋的另类。而他统率的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”，顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某成天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中，一场学园办法奇幻大作就此开始。