《代号深海》的故事发生在民国上海滩，梁军是混迹于大上海三教九流游走于军统和黑市之间的特殊角色，在爱民医院的一次医闹事件中梁军遇到了消失多年儿时青梅竹马的王玉梅，后来梁军经过王玉梅的感召，在组织的层层考验下成为了一名坚忍的无产阶级战士，成功的协助上海地下交通站将一批重要药品物资从上海运到解放区，最终梁军和王玉梅也收获了爱情。