《大汉天子Ⅱ》本系列的故事接续第一个故事，讲述了汉武帝刘彻（黄晓明饰）在位五年后，进入施展才华的阶段。已经稳稳坐上皇位的刘彻，此时正在热恋中。他觉得，这个世界上已经有许多曾经是亲兄弟的兄弟。唯一还在世的李勇（杜淳饰）落入匈奴之手，东方朔一去不复返。.秋蝉（刘云饰），历尽千辛万苦寻找李勇的下落，毕竟匈奴找到他的时候，发现他已经嫁给了匈奴公主。汉武帝身穿微衣旅行，遇到了长相与已故陈阿娇一模一样的歌手李娃（何嘉义饰）。不久李娃进宫，成了刘彻的新宠。然而，已经是皇后的魏子夫（宁靖饰）预见到阿娇之前的教训会重演。汉武帝派吉安（杨洪武饰）寻找东方朔，无意中遇到了被低估的疯子严父（王刚饰）。汉武帝听了诬蔑，将卫青（董永饰）的军权交给了霍去病（李立饰）。