《苍蓝钢铁战舰》21世纪初，由于全球变暖的影响，人类失去了大部分土地。这时，世界各地突然出现了搭载神秘超级武器“雾之舰队”的战舰。没有招架之力的人类，失去了对大海的主宰，再也无法在大海上自由航行。17年后，千早等人在不知不觉中登上了I-401号潜艇，并与I-401的心智模型艾欧娜一起挑起与迷雾舰队的战争。