《碧蓝航线》为碧蓝的航线献上祝福——「碧蓝航线」的少女们，击退了从世界之外而来的神秘仇敌「塞壬」的大攻势。但，战争不管到了何时，都不会有变化。正如当初人类争夺海上霸权一般，「碧蓝航线」与「赤色中轴」因理念不同而对抗。之后，时光流逝——