《边检站》故事发生在云南的一个边检站。参谋长李建军（任伟饰）是两年前检查站的中队长。他在一次禁毒行动中不慎让大毒枭黄一飞（周大勇饰）落网，成为李建军长期的心脏病。两年后，兔奸三窟的黄逸飞将李建军视为自己的克星。与此同时，上级将两名应届毕业生宇翔（安饰）和春草（吴文佳饰）分配到边检站，他们很快在李的影响下进入了工作状态。小镇音乐厨房的老板娘米娜（明日香饰）是李建军的妻子，也是李的线人。在一次手术中，李建军爱上了黄一飞的计谋。他枪杀了一名边防居民，被上级严厉处理，被调离检查站。听到这个消息，黄一飞觉得成功了。.