《暗杀教室：毕业篇》刺杀二宫和也教授（二宫和也配音）的期限越来越近，潜伏在E班三年的秘密武器终于出动了。怀恨在心的茅野枫（山本麻衣饰）露出隐藏已久的触须，向老师发起了不顾一切的攻击。正是在这件事的帮助下，Killing先生讲述了他与前E班代课老师AkuriYukimura（桐谷美玲饰）的难忘关系。围绕暗杀是否进行，盐田渚（山田凉介饰），赤羽叶（菅田正树饰）等人分成了两派。一方面，他们希望拯救地球免于毁灭，另一方面，他们试图挽救被谋杀的老师的生命。与此同时，沉寂已久的各国政府也开始准备最后的行动，而作为一切混乱的肇事者，白先生（渚谷弘树饰）也将成为重要的一员。决定杀老师命运的存在。师生告别的时刻终于到来了……本片改编自松井佑诚的人气漫画。