《暗杀教室:毕业篇》刺杀二宫和也教授(二宫和也配音)的期限越来越近,潜伏在E班三年的秘密武器终于出动了。怀恨在心的茅野枫(山本麻衣饰)露出隐藏已久的触须,向老师发起了不顾一切的攻击。正是在这件事的帮助下,Killing先生讲述了他与前E班代课老师AkuriYukimura(桐谷美玲饰)的难忘关系。围绕暗杀是否进行,盐田渚(山田凉介饰),赤羽叶(菅田正树饰)等人分成了两派。一方面,他们希望拯救地球免于毁灭,另一方面,他们试图挽救被谋杀的老师的生命。与此同时,沉寂已久的各国政府也开始准备最后的行动,而作为一切混乱的肇事者,白先生(渚谷弘树饰)也将成为重要的一员。决定杀老师命运的存在。师生告别的时刻终于到来了……本片改编自松井佑诚的人气漫画。