《X医生：外科医生大门未知子第2季》在上一季中，以果敢干练的作风和高贵惊人的医术，人称外科医生大门未知子（米仓凉子饰）在早已形同腐臭泥潭一般的帝都医科大学第三医院力挽狂澜，掀起前所未有的风暴。因在北海道马场冒险为一匹骨折的马做手术，未知子得到内科专家马渊一代（三田佳子饰）的赏识，进而受邀踏入全日本顶尖医者聚集的殿堂——帝都医科大学附属医院！此前不久，外科总负责人蛭间重盛（西田敏行饰）曾亲手为医院的大金主——某地产大鳄二宫钦也（寺田农饰）完成高危手术，谁知此番二宫癌症复发再度入院。第二外科主任海老名（远藤宪一饰）携团队积极备战，配合蛭间迎接新一轮的手术。而马渊所率领的内科则就治疗方式上与外科产生重要分别和对立。　　未知子的到来，无疑使双方的矛盾趋于白热化……